Die Streitbeilegung wird zweistufig geregelt: Zunächst versucht der Gemischte Ausschuss, innerhalb einer Frist von drei Monaten ab Befassung der Angelegenheit eine einvernehmliche Lösung zu finden, um das ordnungsgemäße Funktionieren des Abkommens zu gewährleisten. Scheitert dies, kann jede Vertragspartei verlangen, dass ein paritätisch zusammengesetztes Schiedsgericht die Streitigkeit nach den in der Anlage festgelegten Regeln entscheidet. Das Schiedsgericht besteht aus unabhängigen und unparteiischen Personen mit juristischer und fachlicher Expertise, die keine Weisungen von den Parteien oder Dritten entgegennehmen dürfen.

Liegt die Streitigkeit in der Auslegung oder Anwendung bestimmter Bestimmungen (z.B. Artikel 7 Absatz 2), die für die Entscheidung relevant sind, so hat das Schiedsgericht die Frage dem Gerichtshof der Europäischen Union (EuGH) zur Vorabentscheidung vorzulegen. Der EuGH entscheidet jedoch nicht direkt über den Streitfall selbst, sondern nur über Auslegungsfragen, die für das Schiedsgericht entscheidungsrelevant sind.

Die Zuständigkeit für Streitigkeiten zwischen Privatpersonen oder Unternehmen bleibt bei den schweizerischen Gerichten. Der Streitbeilegungsmechanismus gilt ausschließlich für Konflikte zwischen der Schweiz und der EU. Zudem werden Kantone bei betroffenen Zuständigkeitsbereichen eng in den Prozess eingebunden. Die Umsetzung der Verfahren erfolgt innerhalb der Bundesverwaltung durch zuständige Departemente, wobei das Eidgenössische Departement für auswärtige Angelegenheiten (EDA) die Koordination übernimmt.

Insgesamt stellt dieses Verfahren sicher, dass Streitigkeiten zunächst politisch gelöst werden sollen, bevor ein rechtlich bindendes Schiedsverfahren eingeleitet wird, wobei der EuGH als Instanz für Auslegungsfragen eingebunden ist.

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