Die Integrationsmethode funktioniert so, dass EU-Rechtsakte durch ihre Integration in ein Abkommen automatisch Teil der Schweizer Rechtsordnung werden. Diese Rechtsakte müssen dabei grundsätzlich nicht explizit in das nationale Recht übernommen werden, sondern sind direkt anwendbar, sofern sie keine Widersprüche zum bestehenden Schweizer Recht aufweisen oder keine Präzisierungen erforderlich sind. Die Schweiz ist nur verpflichtet, ihr Recht anzupassen, wenn es den Bestimmungen der integrierten EU-Rechtsakte widerspricht oder eine Konkretisierung notwendig ist. Diese Methode entspricht dem monistischen Rechtssystem der Schweiz. Zudem erfolgt die Integration dynamisch, das heisst, neue EU-Rechtsakte, die in den Anwendungsbereich des Abkommens fallen, sind nach Integration ebenfalls unmittelbar anwendbar. Ausnahmen von der Integrationspflicht können bestehen, werden aber ausdrücklich aufgeführt. Die Aufnahme neuer Rechtsakte erfolgt in der Regel durch einen Beschluss des Gemeinsamen Ausschusses (GA), der auch Anpassungen beschliessen kann. Vor Inkrafttreten eines solchen Beschlusses sind verfassungsrechtliche Genehmigungen der Schweiz einzuholen, falls erforderlich[2][3][4][6].

Gemäss den Verträgen unterliegen Beschlüsse, die im Rahmen der Integrationsmethode durch den Gemeinsamen Ausschuss (GA) gefasst werden, grundsätzlich nicht dem fakultativen Referendum. Das bedeutet, dass diese Beschlüsse nicht automatisch einer Volksabstimmung unterzogen werden können. Allerdings ist vor dem Inkrafttreten eines solchen Beschlusses in der Schweiz gegebenenfalls eine verfassungsrechtliche Genehmigung erforderlich, bei der das Volk über ein Referendum oder eine andere verfassungsmässige Beteiligung eingebunden werden kann. Somit sind zwar die direkten Beschlüsse des Gemeinsamen Ausschusses vom fakultativen Referendum ausgenommen, wohl aber können Verfassungsänderungen, die mit der Umsetzung dieser Beschlüsse zusammenhängen, einem Referendum unterworfen werden.

Die Verträge sehen vor, dass wichtige rechtsetzende Bestimmungen und Bundesgesetze, die im Zusammenhang mit solchen Abkommen stehen, dem fakultativen Referendum unterliegen (Art. 141 Abs. 1 lit. d Ziff. 3 BV). Für Verfassungsänderungen, etwa bei Beitritten zu supranationalen Gemeinschaften, gilt hingegen das obligatorische Referendum (Art. 140 Abs. 1 lit. b BV). Die Handhabung entspricht der bisherigen Praxis bei den Bilateralen I und II, wobei das Parlament letztlich über die Art des Referendums entscheidet. Die Möglichkeit, Volksinitiativen gegen die Übernahme von EU-Recht innerhalb der betroffenen Abkommen zu lancieren, bleibt ebenfalls bestehen. Damit wird die verfassungsmässige Einbindung des Volkes bei wesentlichen Änderungen gewährleistet, auch wenn die Beschlüsse des Gemeinsamen Ausschusses selbst nicht direkt dem fakultativen Referendum unterliegen[1][2][3][4][5].