Die Nachteile ergeben sich insbesondere aus folgenden Punkten:

1. Datenschutzrisiken: Der Austausch von Personendaten zwischen den zuständigen Stellen der Schweiz und der EU mittels des Binnenmarktinformationssystems (IMI) birgt potenzielle Risiken für den Schutz besonders schützenswerter Personendaten. Obwohl die datenschutzrechtlichen Aspekte materiell durch EU-Rechtsakte geregelt sind, besteht weiterhin ein erhöhtes Risiko von Datenschutzverletzungen oder unbefugtem Zugriff, insbesondere auf kantonaler Ebene, wo Anpassungen der Gesetzgebung möglich sind[1].

2. Verwaltungsaufwand: Die Kantone müssen zentrale Koordinationsstellen ernennen, die den Informationsaustausch im Rahmen der Verwaltungszusammenarbeit koordinieren, was zusätzlichen administrativen Aufwand und organisatorische Komplexität mit sich bringt[2].

3. Kostenbelastung: Die Umsetzung und Beteiligung an EU-Programmen und Nachfolgeprogrammen, wie Horizon und Erasmus+, verursacht Mehrausgaben, die insgesamt auf ca. 1,4 Milliarden Franken pro Jahr ansteigen können. Dies führt zu höheren finanziellen Belastungen für den Bundeshaushalt, die angesichts anstehender Sparmassnahmen problematisch sind[3].

4. Verlust von Handlungsspielraum: Eine engere institutionelle Anbindung an die EU könnte den politischen und wirtschaftlichen Handlungsspielraum der Schweiz einschränken. Während eine völlige Freihandelspartnerschaft oder ein Passivbleiben Nachteile für die wirtschaftliche Verflechtung mit der EU bedeuten, würde eine EU- oder EWR-Mitgliedschaft auch eine unverhältnismässige Einschränkung der Souveränität darstellen[4].

5. Komplexität bei der Umsetzung von Kontroll- und Mitwirkungspflichten: Die kantonalen Behörden sind verpflichtet, Kontrollen und Amtshilfeersuchen im Rahmen des Entsendegesetzes durchzuführen, was zusätzliche Pflichten und auch potenziell Sanktionen bei Verstössen gegen Auskunftspflichten mit sich bringt[5].

Diese Nachteile ergeben sich insbesondere durch den erhöhten Aufwand im Datenschutz, Verwaltungskoordination, finanzielle Belastungen und eingeschränkte politische Autonomie, die mit den bilateralen Regelungen und der institutionellen Zusammenarbeit mit der EU verbunden sind.